醫療廢物含有大量的細菌、病毒以及較多的化學毒物等，具有極強的傳染性、生物病毒性和腐蝕性等特征，其病毒、病菌的危害性是普通生活垃圾的幾十、幾百甚至上千倍。

醫療廢物對大氣、地下水、地表水、土壤等均有污染作用，垃圾露天堆放，造成大量氨氣、硫化物等有害氣體的釋放，嚴重污染大氣，其中垃圾分解散發的多氯聯苯、二惡英等，均是致癌物。醫療垃圾攜帶的病原體、重金屬和有機污染物經雨水和生物水解產生的滲濾液作用，可對地表水和地下水造成嚴重污染。垃圾滲濾液中的重金屬在降雨的淋溶沖刷作用下進入土壤，導致土壤重金屬累積和污染。對醫療垃圾處理不當還可對環境造成二次污染。